Προϊστορικοί χρόνοι (7 000 – 1 600 π.Χ.)
Η νήσος του Αγίου Ευστρατίου πιθανόν να κατοικήθηκε από την εποχή της Πρώϊμης Χαλκοκρατίας (2 800 – 1 900 π.Χ.).[1] Στην παραπάνω υπόθεση καταλήγουν οι ιστορικοί καθώς στο Βόρειο αιγαιακό χώρο έχουμε κατά την εποχή του Χαλκού (3 000 – 1 100 π.Χ.) την αρχαιότερη πόλη της Ευρώπης, την Π ο λ ι ό χ ν η της Λήμνου,[2] η οποία είναι κατά δύο φορές μεγαλύτερη από τον πιο γνωστό οικισμό της πρώϊμης Χαλκοκρατίας, την Τροία των ομηρικών επών.
    Οι ιστορικοί προχωρούν μάλιστα ένα βήμα παραπέρα, όταν εικάζουν ότι, αν πράγματι υπήρξε ένας τέτοιος οικισμός στο νησί του Αγίου Ευστρατίου, αυτός πρέπει να βρισκόταν στη ΒΑ μάλλον πλευρά, προς την πλευρά δηλαδή της Πολιόχνης και της Τροίας, και συγκεκριμένα στην πεδινή τοποθεσία Αλονίτσι, όπου θεωρείται ότι βρέθηκαν τάφοι με χρυσά κτερίσματα. Ίσως η πλησιέστερη κορυφή του Αγίου Αλεξίου να ήταν η ακρόπολη του οικισμού αυτού, καθώς εκεί διακρίνονται ίχνη μεγαλιθικών τειχών.[1]
    Ως παλαιότεροι κάτοικοι των νησιών του Βόρειου αιγαιακού χώρου μνημονεύονται από πολυάριθμους Έλληνες συγγραφείς (Όμηρος, Ηρόδοτος, Θουκυδίδης, Στράβωνας, Διόδωρος ο Σικελιώτης κ.ά.) οι Προελληνικοί λαοί των Πελασγών και των Λελέγων, ενώ λιγότερο συχνά αναφέρονται οι Κάρες, οι Τυρρηνοί, οι Φοίνικες και οι Κρήτες.[3]